ケソン・シティーはルソン島メトロマニラの1/4の面積を占める、メトロマニラで最も大きい市です。市の南西にマニラ市、西と北西はカローカン市とバレンズエラ市に接しています。また、南側にサンホアン市が横たわり、さらに、マンダルヨン市とパシグ市にも接しています。東側では、マリキナ市と接し、さらに、リサール州とも接しています。北側ではマリラオ川を境にブラカン州に接しています。

市内はいくつかの地域に分けられていますが、その境界ははっきりと定義されているわけではありません。主として、住宅地域ごとにわかれているもので、南側ではディリマン(Diliman)、コモンウェルス(Commonwealth)、プロジェクトエリア(The Project Areas)、クバオ(Cubao)、カミアス(Kamias)、カムニン(Kamuning)、ニューマニラ(New Manila)、サン・フランシスコ・デル・モンテ(San Francisco del Monte)、そしてサンタメサハイツ(Sta. Mesa Heights)が含まれています。また、北側には、ノバリチェス地域(Novaliches)があり、これにはフェアビュー(Fairview)とラグロ(Lagro)が含まれています。